吉林大米水稻的儲存一定要做好環境和通風工作，避免稻谷發霉，將會造成嚴重的損失。

稻谷在儲存的時候要清除雜質：水稻中通常含有稗子、糠灰等雜質以及癟粒，這些物質有機質含水量高、而糠灰等雜質又使糧堆孔隙度減少，這些都是儲藏不安全的因素，因此，入庫前必須把雜質含量降低到0.5%以下，可以大大提高儲藏穩定性。

同時做到適時通風新水稻往往呼吸旺盛，糧溫較高或水分較高，應適時通風，特別是一到秋涼，糧堆內外溫差大，這時更應加強通風，結合深翻糧面散發糧堆濕熱，以防結霉，有條件的可以采用機械通風。

保證低溫密閉并充分利用冬季寒冷干燥的天氣通風，使糧溫降低到10℃以下，水分降低到安全標準以內，在春暖以前進行壓蓋密閉，以便度夏，避免潮濕。